Não há nada diferente na realização de uma cópia de segurança de um repositório. Na maioria das vezes é possível fazer essa cópia como se faria com quaisquer outros arquivos.
Seja paranóico. O CVS não deve ser usado durante o backup. Nem para leitura e nem para escrita. Uma das maneiras de fazer isso é desativando temporariamente o servidor CVS.
Essa paranóia é justificada pela garantia da integridade dos dados armazenados no repositório. Nenhum arquivo será armazenado ou removido de metade do backup.